Syntéza jádrového polysacharidu začíná z lipidu Ⅳa. Po přidání KDO (core oligosacharid) na C-6' pozici neredukujícího glukosaminu se postupně přidávají heptóza a hexóza

1. Syntéza a adheze KDO

Syntéza KDO zahrnuje tři kontinuální reakce: ① 5-fosfát D-ribóza ↔ 5-fosfo-D-arabinóza. ② 5-fosfát - D-arabinóza fosfoenolpyruvát → 8-fosfát - KDO fosfát. ③ 8-fosfát - KDO alkanová kyselina. Tyto tři reakce byly prováděny za katalýzy 5-fosfo-D-nukleát izomerázy, 8-fosfor-KDO syntetázy, respektive 8-fosfatázy. Dětský gen umístěný na 27 minutách chromozomu kóduje 8-fosfor-KDO syntetázu.

KDO generuje CMP-KDO aktivovanou formu za katalýzy CMP-KDO syntetázy. Enzym, který katalyzuje tuto reakci, je kódován genem kds B umístěným na 85 minutách chromozomu. CMP-KDO váže KDO na C-6' lipidu Ⅳa za katalýzy dvoufunkčního nebo trifunkčního proteinu WaaA a poté přidá druhou molekulu KDO k první molekule KDO.

2. Syntéza heptózových a hexózových oblastí

Heptóza se přidává k polysacharidu jádra jedna po druhé ve formě aktivace ADP a hexóza ve formě aktivace UDP. Glykosyltransferázy, které katalyzují nukleotidové monosacharidy, patří do řady membránově příbuzných glykosyltransferáz, které přenášejí cukerné skupiny na zralé molekuly lipidu A na cytoplazmatickém povrchu buněčné membrány. Syntetizovaná jádrová molekula lipidu A může být přenesena z cytoplazmatického povrchu buněčné membrány na periplazmatický povrch buněčné membrány za účasti transportního zařízení ABC [ATP-binding cassette (ABC) transportér] a dokončit spojovací reakci s polysacharidovým řetězcem O antigenu na periplazmatickém povrchu k vytvoření kompletní molekuly LPS. Kromě toho může být jádro lipidu A také použito jako receptor společného enterobakteriálního antigenu (ECA) a polysacharidového řetězce kapsulárního K antigenu skupiny Escherichia coli.

Glykosyltransferázy nebo modifikující enzymy podílející se na syntéze základních polysacharidů jsou kódovány třídou genů zvanou wa ※ ※, které se nacházejí na 81-82 minutách chromozomu, mezi geny cysE a pyrE, a tyto geny jsou distribuovány ve třech operonech . Pro pět základních struktur Escherichia coli se složení genů a genetická distribuce různých syntéz jádra liší.

Operon waaA obsahuje strukturní gen waaA kódující bifunkční nebo trifunkční transferázu KDO a polypeptidový gen s neznámou funkcí a relativní molekulovou hmotností 18 000. Produkty genů gmhD, waaF a waaC v operonu gmhD souvisí se syntézou heptózové oblasti jádra, zatímco operon waaQ souvisí se syntézou vnější hexózové oblasti a chemickou modifikací oblasti jádra. U Escherichia coli K-12 je transkripce operonu gmhD regulována promotorem tepelného šoku a transkripce toho kterého operonu je pozitivně regulována netranslatovanou oblastí upstream od operonu a transkripčním elongačním faktorem RfaH.