Typickým střevním bakteriálním lipidem A jsou 1,4-difosfát-P 1,6 vázané glykosaminodisacharidy jako hlavní řetězec a vázané 3-hydroxy mastné kyseliny nebo 3-acylkarboxylové zbytky s amidovými a esterovými vazbami. Tato struktura není společná pro všechny gramnegativní bakterie. Zejména se s výše uvedenými strukturami často nesetkáváme v rodinách, které jsou daleko od koliformních bakterií, jako je Bradyrhizobia.

Nejprve byla struktura odvozeného lipidu A považována za "abnormální" typ lipidu A a nyní je přejmenována na variantu lipidu A. Například Thiobacillus, Rhizobiaceae, Nitrobacter, Brucella, Chromatim Party, Chlorobium N ad son atd. Jsou zřejmé změny ve struktuře skeletu LPS a v jeho substituci. Varianta lipidu A má formu přechodného typu (neboli transformovanou), u Rhodobacter sphaeroides je pouze část amidově vázané 3-hydroxy mastné kyseliny nahrazena 3-oxymyristovou kyselinou. Jako lipid, polysacharid skeletu A, glykosamin pigmentovaných bakterií je vždy doprovázen malým množstvím spojení 2,3-diamino-2,3-dideoxy-D-glukózy (DAG).

DAG existuje pouze v kostním cukru lipidu A. Derivát uronové kyseliny 2,3-diamin-2,3-dideoxhexózy byl popsán jako bakteriální antigen (O řetězec) různých sérotypů Pseudomonas aeruginosa.

3- kyselina oxymyristová: Přítomnost kyseliny 3-oxymyristové byla poprvé hlášena u Listenella anguillarum a erytroidních bakterií. Nyní lze ve skutečnosti pozorovat všechny druhy a kmeny gramnegativních bakterií α-3 větve.

Endotoxinem s nejvýznamnějším biologickým účinkem je heterogenní LPS, který se často používá jako standard pro testování buněčné reakce a výzkum terapeutického účinku. Jeho biologická aktivní část lipidu A je složena z β-1,6 složeného z D-glukosamin disacharidu a šesti nasycených mastných kyselin a dvou negativně nabitých fosfátových radikálů. Změny v uspořádání těchto struktur, jako je snížení počtu nábojů, redukce mastných acylových skupin, změna distribuce mastných acylových řetězců a stupeň nasycení mastných acylů, mohou vést k poklesu jejich biologické činnosti. Ukazuje, že změna primární struktury endotoxinu nevyhnutelně ovlivní jeho fyzikálně-chemické působení. Seydel a kol. potvrdili, že stereostruktura LPS v endotoxinu úzce souvisí s jeho biologickými účinky. Různé trojrozměrné struktury mohou vytvářet různé efekty. Obecně řečeno, kónická prostorová struktura často vede k aktivačnímu efektu buněk, zatímco válcová prostorová struktura LPS je často antagonistou endotoxinu k inhibici aktivace buněk.