Lipopolysacharidově neutrální roztok lze skladovat při pokojové teplotě několik měsíců a jeho biologická aktivita se významně nemění. Pokud je skladován při 4 ℃ nebo v chladničce s nízkou teplotou, jeho biologická aktivita může zůstat nezměněna několik let až desetiletí. Suchý lipopolysacharidový neutrální prášek lze skladovat při pokojové teplotě nebo v chladničce po desetiletí nebo déle, aniž by ztratil svou biologickou aktivitu.

Když je lipopolysacharid umístěn do kyselého roztoku při pokojové teplotě, jeho molekuly podléhají částečné degradaci. Tato změna zahrnuje především štěpení glykosidických vazeb mezi polysacharidem a lipidem A a štěpení vazeb lipid A1-glukosid. Zahřívání může tuto reakci podpořit. Silný kyselý roztok může za podmínek zahřívání zcela zničit lipopolysacharid.

Alkalické faktory mají velký vliv na molekuly lipopolysacharidů, zejména na molekuly lipidu A. V tomto okamžiku lze snadno zničit 4-fosfát esterovou vazbu na skeletu lipidu A a esterovou vazbu mastné kyseliny v polohách 3 a 3, což může způsobit rozštěpení molekuly. V této době degradované molekuly ztrácejí svou typickou endotoxinovou aktivitu. Lipopolysacharidy mohou být v silně alkalických podmínkách zcela zničeny.